西南大学机关工会于2014年底成立。机关工会是在学校机关党委和校工会领导下的教职工群众组织，依照《中华人民共和国工会法》《中国工会章程》和《西南大学工会关于加强部门工会建设的实施意见》开展各项工作。

一直以来，机关工会始终坚持履行维护职工合法权益，竭诚为职工服务的基本职责，充分发挥党组织联系职工的桥梁纽带作用，以忠诚党的事业、竭诚服务职工为己任，团结和动员职工同心同德、真抓实干，围绕中心、服务大局，充分体现工会的政治性、先进性、群众性。

第一届机关工会代表大会于2015年6月成立，任期三年。第二届机关工会代表大会于2017年10月成立，任期五年。

机关第三届工会代表大会暨第一届教职工代表大会于2022年10月成立，两会合一、代表合一，任期五年。机关第三届工会委员会、第一届教代会执行委员会委员，两会合一、委员合一，设有工会主席（主任）1人、副主席（副主任）2人，组织委员、宣传委员、文体委员、女工委员、青工委员等委、生活福利委员等12人。机关工会下设工会小组29个，截至2023年6月20日前共有工会会员580人。